Untuk mendukung pengelolaan perikanan dan kawasan konservasi yang efektif, diperlukan data dan informasi yang dapat diandalkan sebagai dasar perumusan kebijakan. FRCI melalui dukungan Global Environment Facility (GEF/FAO) ISLME Project membantu Kementerian Kelautan dan Perikanan untuk mereview rencana pengelolaan perikanan di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPPNRI) 712 dan 573, serta mewujudkan peningkatan pendataan dan pengelolaan perikanan rajungan melalui proyek percontohan di Kabupaten Demak, Provinsi Jawa Tengah. Selain itu, FRCI juga mendukung pengelolaan perikanan demersal di WPPNRI 713 dan 573, terutama di provinsi Nusa Tenggara Barat, Nusa Tenggara Timur, dan Bali, melalui pengumpulan data dan informasi, penyusunan telaah ilmiah, serta rekomendasi untuk program perbaikan perikanan. Inisiatif tersebut didukung pula oleh COREMAP-CTI dan Ocean Stewardship Fund.
Dari segi konservasi, saat ini FRCI membantu pemerintah daerah dan masyarakat dalam pengelolaan kawasan konservasi perairan di Sulawesi Selatan (Liyukang Tanggaya) dan Jawa Tengah (Ujung Negoro, Karang Jeruk, Karang Jahe dan Pulau Panjang) dengan dukungan dari The Critical Ecosystem Partnership Fund, pemerintah provinsi dan Direktorat Konservasi dan Keanekaragaman Hayati Laut. Selain itu, FRCI mendukung pemerintah Indonesia untuk merealisasikan 30x30, yaitu inisiatif global untuk menetapkan sedikitnya 30% wilayah darat dan laut sebagai area konservasi pada tahun 2030.
Saat ini, FRCI juga tengah menjalankan berbagai program terkait penanganan destructive fishing, unsustainable fishing, dan illegal wildlife trade untuk mendukung pengelolaan perikanan berkelanjutan yang difokuskan di WPPNRI 712 dan 713. Program tersebut berjalan atas dukungan Oceans5.
